Mae gan Gonwy gyfoeth o fywyd gwyllt sy’n dibynnu ar ystod eang o gynefinoedd. Mae’r amrywiaeth o greigiau a phriddoedd, tirffurfiau, agweddau ac uchderau yn cynnal yr un faint o gynefinoedd llednaturiol (sgri Alpaidd, gwelltiroedd, coetiroedd, llynnoedd dŵr croyw, nentydd ac afonydd, aberoedd llanwol a chynefinoedd arfordirol) â’r cynefinoedd sydd wedi’u haddasu mwy megis tir pori parhaol a choedwigoedd conwydd wedi plannu.

Mae pob un o’r cynefinoedd uchod yn cael eu defnyddio gan anifeiliaid penodol megis: eogiaid a brithyllod môr ar Afon Conwy; glesyn serennog prin y Gogarth; telor y coed a gwybedog brith y coetir derw hynafol, y bodaod tinwyn sy’n bridio ar rostiroedd uchel, a’r gylfinir sy’n gaeafu yma a’r piod môr sy’n ymgasglu i fwydo ar wastadeddau llaid Traeth Lafan.